1.病因治疗针对其致病原因，如肺气肿、慢性支气管炎、肠梗阻等进行相应的针对性治疗，是治愈的关键。

2.改善营养据报道，加强营养并补充维生素B类药物，可使症状缓解甚至消失，有较好的疗效。

3.氧疗给患者连续高浓度的氧气(70%～75%)吸入，可使血液内氧分压升高，而置换肠气囊肿内的气体，从而使囊肿消失。

4.中药治疗应用大量三七(3～4.5g/d)及云南白药(0.6g，口服，每6小时1次)，可能使病变缓慢，这可能是由于大量三七和云南白药有活血化瘀之功效。有人用龟板、土茯苓、鹅不食草治疗也取得了一定的疗效。

5.药物灌肠有报道，以浓茶及云南白药灌肠，或以浓茶加锡类散(1～2管，1次/d)保留灌肠，15天为一疗程，休息10天可再进行下一疗程，治疗半年可痊愈，也有单用浓茶水灌场，1000ml/d，持续3个月后治愈的报道，认为可能与茶叶中所含鞣酸的收敛作用有关。

6.纤维结肠镜下治疗发现气囊肿后，先用活检钳将气囊肿夹破，然后将内镜微波治疗仪的同轴电缆通过内镜活检孔插入，电极头伸出活检孔3～4cm，并接触囊肿进行凝固。微波输出功率可用40w，每次2～3s，治疗后局部黏膜呈灰白色凝固。此法具有组织损伤小、简便、安全等优点。

7.外科治疗对反复出血或不全梗阻的病例，有人主张可手术切除病变的肠段。但应注意，不要用电切，以免气囊肿内气体爆炸。

本身无特殊治疗方法，如无明显症状，可进行临床观察，无需特殊治疗，有时囊肿可自行消失。如有明显的腹部不适、腹胀、腹泻等临床症状时，可行氧吸入治疗，有报告用高压氧吸入以2.5个大气压，每日1次，每次2h，2～3次后即可取得气囊肿消失和症状缓解的效果。气囊内气体主要为非氧成分，血中高浓度氧通过梯度弥散将囊内气体消除，氧进入囊肿后很快被组织代谢利用而消失。当气囊肿本身引起肠梗阻的治疗。在需手术治疗时，如病变只限于一般肠袢，可作肠部分切除及吻合术，如病变广泛则应以缓解梗阻为主。

如肠气囊肿伴随其他疾病如幽门梗阻、炎症性肠道疾病，消化道恶性肿瘤等，则应针对这些原发疾病进行治疗。

暴发性肠气囊肿症应在用广谱抗生素控制感染及胃肠减压的同时进行手术治疗，这类病人预后不佳，手术死亡率高。